Dezenfeksiyon sistemleri, su arıtma proseslerinin son ve en kritik aşamalarından biri olup, sudaki bakteri, virüs ve patojen mikroorganizmaların etkisiz hale getirilmesini sağlar. Bu aşama, özellikle içme suyu, proses suyu ve yeniden kullanım uygulamalarında suyun mikrobiyolojik güvenliğini garanti altına almak için zorunlu bir adımdır. Dezenfeksiyon işlemi; klor dozajlama, UV sistemleri veya ozon uygulamaları gibi farklı teknolojilerle gerçekleştirilebilir. Uygulanan yöntem, suyun kullanım amacı, debisi ve organik yüküne göre belirlenir. Doğru tasarlanmış bir dezenfeksiyon sistemi, sadece mikroorganizmaları kontrol altına almakla kalmaz, aynı zamanda sistemde biyofilm oluşumunu ve ikincil kirlenme risklerini de minimize eder.